Fondun əsas missiyası Azərbaycan Respublikasında dini etiqad sahəsində maarifləndirmə işinin aparılmasına, mənəvi dəyərlərin qorunmasına və inkişafına, dövlət-din münasibətləri sahəsində məqsədli proqramların hazırlanmasına və həyata keçirilməsinə, dini qurumların vətəndaşların dini etiqad azadlığının təmin olunması sahəsində fəaliyyətinə, habelə bu sahədə sosial layihələrin reallaşdırılmasına dövlət dəstəyini təmin etməkdir.